Nell'anno 1993 è stata inaugurata la mostra permanente Strumentaria, spazio museale in cui si trovano esposti circa duecento strumenti e apparecchi scientifici dell'antico Gabinetto di fisica del Liceo. Nel 1995 ha preso l'avvio il progetto, denominato Naturalia, teso al recupero delle collezioni naturalistiche dell'antico Gabinetto di storia naturale del Liceo. Le due iniziative sono una chiara testimonianza del patrimonio tecnico scientifico e didattico dell'Istituto.
Il 3 dicembre 1999, in occasione della prima celebrazione della fondazione del Liceo, è stato inaugurato un altro spazio museale permanente denominato Historica nel quale sono esposti i principali documenti che ripercorrono la storia del Liceo, a partire dalla sua fondazione.
I musei sono uno spazio di intervento formativo, di promozione di iniziative volte alla diffusione della cultura scientifica, tecnologica e storica un vero e proprio "laboratorio di ricerca", centro propulsore di didattica e di cultura, luogo abitato da gente viva che, con mobilità di idee e continue sperimentazioni, manifesta la propria identità.